在那样环境中，人性受到考验，1980年6月16日，科考队在宿营地西面百米处，发现彭加木，全身是血，人已经死亡。谁杀了彭加木?科考队没有一个人承认，他们都选择沉默。因为彭加木不同意向军方求援，要自行在罗布泊找水，科考队不可能再活下去，杀害他成为必然。为拖延时间及圆谎，科考队把16日改成17日。

彭加木死亡现场

这样令人遗憾的事件，应否保密?连承担任务法医，都没有明显记录。直到法医去世后，2012年，其学生借阅资料，才在一页角落发现，有一电邮地址，还有一串由数字和字母组成的密码。有一句话：此处注释太多，书页空间不够，内容记在电邮附件中，有兴趣可自行查看。打开邮件，才发现法医办案日记。由此进入案件细节：

彭加木失踪不久，科考队员开着越野车往东找人，开出一公里多，他们发现一行脚印，并认定是彭加木脚印。到了深夜2点，科考队员仍没找到彭加木，才将失踪消息用电报报告驻军，并请驻军转告中国科学院新疆分院。第二天6月18日，直升机来到，并装载250公斤水，一方面是为找人，另一方面是为科考队运送补给。直升机搜索40分钟，无所发现返回科考队宿营地。

第三次6月19日，科考队驱车外出找人，在疏勒河故道中发现一行向东的脚印。经过鉴定，脚印是皮鞋鞋印，大小正好与彭加木的一样，彭加木出走时，正是穿着一双翻毛皮鞋。科考队沿着脚印追踪到一个一米多高土丘，找到被撕成两半糖纸。糖纸米黄色，印着“椰子奶糖青岛食品厂”字样，而彭加木曾买过那样的糖。接着，科考队在土丘上，找到一个明显的人坐过的痕迹，可人还是没见着。