明太祖朱元璋死后燕王朱棣于建文元年(1399)以“清君侧之恶”的名义举兵反抗朝廷，至建文四年朱棣由燕王荣登皇位而结束，历时4年。就在朱棣攻入南京时，皇宫已是一片大火，建文帝下落不明。

一种说法认为建文帝是自焚而死的。据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记载，燕王朱棣发动“靖难之役”，经过4年的征战，燕王获得全胜，建文四年(公元1402)6月13日，燕王统领大军开进南京金川门。当燕王军队进入皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。与此同时，建文帝所使用的宝玺也毫无踪影。正史记载建文帝死于宫中的大火。

仁宗朱高炽御制长陵后碑也说，建文帝殁后，成祖备以天子礼仪殓葬。成祖后来在给朝鲜国王的诏书中说：没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡无从得知。燕王为让天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其坟墓在什么地方，无人可知。明末崇祯帝就曾说过：想给建文帝上坟，却不知在何处。另一种说法是在南京攻破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信说服下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。明成祖死后，他又回到京城，死后葬于京郊西山。

民间传言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝先逃到云贵地区，后来又辗转到了南洋一带，直到现在，云南大理仍有人以惠帝(建文帝)为鼻祖。也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐21年(公元1423)在此病亡，埋于庵后小山坡上。